犀牛基于多重曲面Brep，而你见过的大部分布尔都很顺畅的软件UG/solidworks/proE基本都是基于实体Solid的。
JCAD我不熟悉，但我可以简单介绍一下Solid架构的软件为什么布尔+倒角每次都成功
其实很简单，他的每一个物体不论做什么操作，都是保证该操作的结果是封闭实体的。如果某操作出来的结果，因为某些原因不是实体，他要么提示你，要么报错，要么不让你操作。
长此以往，除非你专门指定要求我就是要做一个单个曲面，否则所有的操作都是实体1到实体2，实体2到实体3。只要用户不特别提出要求，按照正常流程操作，永远都是实体。
在这情况下倒角和布尔永远会成功。
而犀牛不是基于Solid，举个最简单的例子，一个大球套着一个小球，如果是别的软件，会严格界定他是两种可能中的一种，要么是两个物体，大的套在小的外面，要么是一个空心球体。而犀牛你可以做个实验，他无法识别出这是一个空心球体，只能识别成两个分离的球体。
基于Brep的好处有很多，自由灵活，适合做概念设计，这也就是犀牛本身的软件定位之一，如果犀牛也按照实体Solid架构，它本身擅长做的事情就做不好，相反如果UG、proE采用Brep架构，那作为专业的机械工程类软件，他定位的实体加工和设计就完全无法实现，每个零件都要求是实体，如果中间没有软件对实体的把控，整体效率会极度下降。
而就是因为缺少实体软件里近似“傻瓜式”的实体保证，所以一旦Rhino建模过程中有一些方法错误或者疏漏，模型就无法保持实体。在能保证实体的情况下，Rhino布尔的成功率并不低。
软件都是各司其职，各有所长的。甚至有一些软件专门针对mesh做优化，例如materialise的Magic，网格的修补和布尔功能非常强大。就算网格有一些错误，他也可以自动修复并且布尔成功。我曾经就专门使用它修复犀牛输出的复杂网格。
犀牛会借鉴或引入一些优秀的算法，将来或许有一天他也能强力修复和布尔mesh，但就目前来看，针对你的具体任务时，按照Ansen老师说的两点去处理是最适合的。